1803 hatte die Stiftskirche mit der Aufhebung des Augustiner-Chorherrenstiftes ihre Stellung als Klosterkirche verloren. Nach dem Willen des Aufhebungskommissars sollte sie deshalb abgebrochen werden. Die Bevölkerung von Rottenbuch und die ehemaligen Chorherren mit ihrem Propst Herkulan Schwaiger (1798-1803) bemühten sich mit Erfolg, um diesem barbarischen Zerstörungswerk Einhalt zu gebieten. Am 23.10.1803 entschied ein „höchstes Reskript“, dass die Klosterkirche ihrer vorzüglichen Bauart wegen Pfarrkirche von Rottenbuch werden sollte. So konnte gerade noch das Schlimmste verhindert werden, da der Aufhebungskommissar selbst daraufhin noch versuchte, die Seitenschiffe abzureißen und nur noch das Mittelschiff stehen zulassen.
Der kostbare Silber- und Goldschatz der Kirche war schon in den Jahren 1797 bis 1801 vom Staat konfisziert und abgeholt worden. Nach dem 28.März 1803 versteigerte die Aufhebungskommission weitere wertvollste Kirchenschätze, Kreuze, Kelche, Monstranzen, Reliquienbehältnisse und prächtigste Ornate für wenig Geld oder ließ sie sofort nach München bringen. Geistliche aus Tirol erwarben die viel verehrten „heiligen Leiber“ vom Hochaltar und den Seitenaltären für ihre Kirchen. 1977 konnte die Pfarrei Mariae Geburt die Reliquienschreine der heiligen Primus und Felicianus zurückkaufen und am 17. Juli wieder an ihrem angestammten Platz am Hochaltar aufstellen.
Der schwerste Schlag für die Gesamtwirkung der Rottenbucher Kirche war die Entfernung des Johannes-Altars im südlichen Querschiff und der beiden westlichen Pfeileraltäre des Langhauses, St. Antonius und St. Michael. Ihren neuen Platz erhielten alle drei Altäre in der Pfarrkirche von Peiting, forciert vom damaligen Peitinger Pfarrer, einem ehemaligen Rottenbucher Chorherren.
Im „verwaisten“ südlichen Querschiff wurde daraufhin die Sakristei eingerichtet.