Im 10. Jahrh. besteht ein Rodungsklösterlein über der Ammer. Dieser Zelle übergibt Herzog Welf I. am 27.12.1073 mit seiner Frau Judith seinen Besitz in Böbing mit Häusern, Wiesen, Wald und Einkünften. Der selige Bischof Altmann von Passau ist an der Gründung beteiligt, führt die Regel des Augustinus ein und entsendet Chorherren aus St. Nikola bei Passau.

Von 1085-1125 Bau der romanischen Klosterkirche. Am 06.03.1090 und 28.01.1092 gewährt Papst Urban II. die Libertas Romana, Rottenbuch wird päpstliches Eigenkloster, Zentrum der Kanonikerreform in Deutschland und päpstlicher Stützpunkt im Investiturstreit. Seit 1140  ist der jeweilige Propst von Rottenbuch auch Archidiakon für den Ammergau und Werdenfels.

1300 wird das Frauenkloster (1120 erstmals urkundlich erwähnt) aufgelöst und nach Benediktbeuern verlegt. 21.04.1263 weilt der letzte Hohenstaufe Konradin in Rottenbuch und gewährt ein Schutzprivileg.

Am 27.11.1264 und 1322 legen Brandkatastrophen das Stift in Schutt und Asche. 1413 brandschatzen Tiroler Bauern das Kloster und am 13.07.1417 stürzt der Turm in sich zusammen. Auf dem Konzil von Basel erhält das Kloster 1442 das Recht der Pontifikalien (Stab, Mitra, Brustkreuz für den Propst).

1439-1477 umfassende Bautätigkeit am Kloster und der Klosterkirche. 1514 beginnt die Wallfahrt auf dem Hohenpeißenberg, die ab1604 ganz dem Stift einverleibt wird. Am 23.05.1632 fällt Böbing den Schweden zum Opfer und wird in Brand gesetzt. 1632 und 1646/1648 wird das Stift geplündert. 1633-1635 wütet die Pest in der Hofmark. 1698  erwirbt das Stift Osterzell und kommt damit in den Rang der Reichsritterschaft. Am 28.08  und 18.09.1703 wird das Stift geplündert und am 15.07.1704 erneut überfallen.

Es folgt eine neue Blütezeit für das Kloster mit reger Bautätigkeit in Rottenbuch und auch in der Hofmark. Nach dem Überfall der Franzosen am 07.07.1800 bleibt Rottenbuch bis April 1801 besetzt.

Am 21.03.1803 überbringt der Aufhebungskommissar das Todesurteil und kündigt die Auflösung des Augustiner-Chorherrenstiftes Rottenbuch zum 1. April 1803 an. 730 Jahre nach der Stiftung Herzog Welf I. existiert das Kloster nicht mehr.